De nos jours à Tokyo, Setsuna et Sara, deux jeunes adolescents, s’aiment éperdument.
Un amour fou que rien ne semble pouvoir briser malgré les tensions dues a leur entourage.
En effet ils ne forment pas un couple ordinaire car ils sont frère et soeur et doivent supporter constamment le regard de leurs camarades ainsi que celui de leur mère divorée cherchant à tout prix à les séparer.
Seul Kira le meilleur ami de Setsuna les soutient.
De nombreuses disparitions et morts inexpliquées apparaissent parmi leurs camarades de classe et toutes semblent se lier autour d apparitions angéliques.
Setsuna lui même semble victime d’étranges phénomènes : la vue du sang lui fait perdre tout ses moyens et le rend fou et seule sa soeur parvient àle calmer.
Un jour Setsuna est pris à parti par deux démons, Kourai et Arachnee qui lui apprennent qu’il est la réincarnation de l’ange organique Alexiel qui fut déchue car elle s’était rebellée contre Dieu lui même.
Cependant Setsuna n'en a que faire et ne s'en intéresse pas jusqu au jour ou Sara, tentant de le protéger de l attaque d’un mystérieux ange, meurt dans ses bras.
La colère de setsuna est telle qu’il réveille le pouvoir astral d’Alexiel en lui et s’apprête à détruire la terre.
Mais l’apparition de l’Ermite sacre Adam Kadamon gèle le temps sur terre, retardant sa destruction, et apprend a Setsuna qu il doit lui aussi mourir et se rendre dans le monde céleste afin de retrouver son amour et sauver la terre d une destruction certaine.
Aura t’il assez de force et de courage pour remplir sa mission ?